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  Adaptation des agroéquipements pour optimiser les apports d’intrants et réduire les quantités de produits de synthèse utilisées

  Développement de méthodes et d’outils d’analyse (imagerie et modélisation) pour l’adaptation des agroéquipements à la réduction des intrants de synthèse. On s'attache à prévenir les risques de dégradation de l'environnement et à renforcer le caractère durable des agrosystèmes. Cela passe non seulement par l’utilisation de machines sophistiquées, dotées de technologies innovantes (capteurs, imagerie, systèmes automatisés…) mais aussi par l’identification précise de la végétation présente dans cette parcelle (cartographie des espèces et état sanitaire). L’imagerie, l’électronique et l’informatique embarquées sont des leviers techniques de la transition agroéologique ouvrant ainsi de nouveaux axes de recherche.

  Domaines : Sciences de la Terre et du Vivant

  Dijon

  
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  Analyse des effets des systèmes de culture sur les communautés adventices, la fertilité des sols et les émissions de gaz à effets de serre pour l’évaluation multicritère et la conception de systèmes de culture multiperformants

  Analyse des déterminants et des leviers de régulation des adventices et de bouclage des cycles (carbone, azote) dans les agroécosystèmes par des approches combinant : Agronomie systémique, sciences du sol, écophysiologie Expérimentations systèmes, expérimentations analytiques au champ et en conditions contrôlées, modélisation mécaniste, expérimentation virtuelle (simulation), data mining et machine learning, ateliers participatifs (avec agriculteurs, conseillers)

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  Ecologie des champignons phytopathogènes d'origine tellurique et des champignons mycorhiziens - Biocontrôle

  Potentiel infectieux du sol et résistance des sols aux fusarioses vasculaires Biologie et écologie des champignons du sol, caractérisation et identification d’agents phytopathogènes (champignons, oomycètes), diversité et dynamique des communautés fongiques, Biocontrôle d’agents phytopathogènes, biocontrôle d’adventices via des mycoherbicides Caractérisation, identification, évolution et taxonomie des champignons mycorhiziens - Focus sur les Gloméromycètes.

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  Écologie microbienne des sols

  Étude des communautés microbiennes des sols : distribution spatiale et temporelle ; traduction fonctionnelle de cette biodiversité par des approches de métagénomique directement appliquées sur les acides nucléiques extraits des sols. Développement d’indicateurs de la qualité microbiologique des sols pour le diagnostic de la qualité des sols.

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  Ecologie Microbienne Fonctionnelle et Evolutive pour des Ecosystèmes Durables

  Ecologie des communautés microbiennes dans les sols en relation avec le fonctionnement des agroécosystèmes et le devenir des intrants chimiques et biologiques d’origine agricoles.

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  Ecologie, Evolution et Adaptation des plantes adventices

  Comprendre comment les plantes adventices s’adaptent aux milieux agricoles. Quelles sont les conséquences de ces adaptations en termes de nuisibilité, de risque d’invasion ou au contraire de services écosystémiques apportés.

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  Ecophysiolgie des Légumineuses

  Nos travaux consistent en une démarche analytique écophysiologique qui caractérise les réponses des légumineuses à certains facteurs biotiques et abiotiques, avec une approche structure-fonction intégrant les apports et flux azotés, carbonés et hydriques à l’échelle de la plante entière. Cette démarche, couplée à d’autres disciplines (notamment transcriptomique, métabolomique, écologie microbienne) prend en compte la variabilité génétique intra ou interspécifique.

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  Etude des communautés, des paysages et réseaux trophiques pour une gestion durable des adventices

    Modélisations et analyses des communautés végétales et des réseaux trophiques au niveau du paysage : Compréhension des effets conjugués des systèmes de culture et des caractéristiques du contexte paysager des parcelles sur la répartition et l’évolution des communautés de plantes adventices et des réseaux trophiques/écologiques qui en dépendent Evaluation de systèmes de culture plurispécifiques durables basés sur la lutte intégrée pour contrôler les populations d’adventices. Interactions entre la végétation (cultures- adventices) et les populations d’insectes (pollinisateurs, herbivores, ennemis naturels) Agriculture de conservation Modélisation spatio-temporelle (flux, etc.) des services écosystémiques Reconnaissance taxonomique de la flore adventice et des insectes auxiliaires des cultures. Expertise sur les cycles biologiques

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  Immunité de la vigne et interactions vigne / micro-organismes

  Défenses de la vigne. Protection de la vigne contre des maladies par des stimulateurs des défenses des plantes (SDP) et autres produits de biocontrôle

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  Immunité des plantes et processus de signalisation cellulaire

  Étude des mécanismes cellulaires et moléculaires de l’immunité des plantes. Etude du rôle du monoxyde d’azote. Identification et analyse fonctionnelle de protéines modifiées au niveau post-traductionnel. Analyse de l’homéostasie du fer de la plante. Recherche et étude du mode d’action de stimulateur des défenses naturelles des plantes.

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  La génétique des légumineuses à graines

  Déterminisme génétique de l’adaptation des légumineuses à graines aux systèmes de culture agro-écologiques

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  La santé des plantes : défenses et mycorhizes

  Etude des mycorhizes à différentes échelles, de la cellule à la parcelle : interactions entre le système racinaire et les champignons participant à l’amélioration de la santé du végétal (nutrition, résistance vis-à-vis de pathogènes ou des stress abiotiques), Etude d’évènements ou processus subcellulaires, cellulaires et moléculaires après traitement de cellules végétales par des molécules naturelles ou synthétiques.

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  Microbiologie Environnementale et Risque Sanitaire

  Etude des risques infectieux pour la santé animale et humaine d’origine environnementale (Approche One Health) ; Étude de la circulation et de l’adaptation des microorganismes potentiellement pathogènes entre les environnements abiotiques et les hôtes animaux ou humains et végétaux, impact des paramètres environnementaux (sols, eaux). Ingénierie écologique : inoculation microbienne, adaptation au stress osmotique et physiologie des bactéries dans ces conditions.

  Domaines : Sciences de la Terre et du Vivant, Santé

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  Microbiote racinaire favorable à la croissance, la santé et la qualité nutritionnelle de la plante

  Etude  des interactions  microbiote racinaire-plante pour optimiser les effets bénéfiques sur le rendement, l'adaptation aux stress (phytopathogènes, carences en fer, sécheresse…) et la qualité nutritionnelle des produits agricoles. Etudes portant à la fois sur les communautés microbiennes à partir d'ADN extrait du sol et des racines, sur des microorganismes isolés et cultivés, et sur la plante cultivée en présence de microorganismes (études de microscopie, bioessais in vitro, en serre, au champ); focus particulier sur les bactéries du genre Pseudomonas. 

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  Qualité des graines, processus de remobilisation de l’azote et du soufre vers les graines, prise en compte des stress abiotiques lors de la phase reproductive

  Amélioration de la productivité et de la qualité des graines de légumineuses, en particulier du pois, en utilisant des approches de génétique, omiques, génomique fonctionnelle, biotechnologies : identification et caractérisation des acteurs moléculaires (TILLING, transgenèse).

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