Écologie microbienne des sols

Domaines d'expertise

• Étude des communautés microbiennes des sols : distribution spatiale et temporelle ; traduction fonctionnelle de cette biodiversité par des approches de métagénomique directement appliquées sur les acides nucléiques extraits des sols.
• Développement d’indicateurs de la qualité microbiologique des sols pour le diagnostic de la qualité des sols.

Axes de recherche

Axe 1 : Biogéographie des communautés microbiennes des sols.

• Les objectifs sont ici de caractériser la distribution spatiale et temporelle des communautés microbiennes et de comprendre les processus écologiques déterminant ces profils de distribution afin de hiérarchiser les facteurs environnementaux et les pratiques agricoles mises en œuvre.

Axe 2 : Rôle de la diversité des communautés microbiennes dans le fonctionnement biologique des sols.

• L’objectif est de comprendre dans quelle mesure la diversité (taxonomique et/ou fonctionnelle) des communautés microbiennes est un facteur déterminant pour les fonctions biologiques du sol et les services associés (dynamique du carbone dans les sols, structuration du sol, fonctionnement de la plante, qualité de l’air).

Axe 3 : Qualité microbiologique des sols au service de la transition agroécologique et de la gestion des territoires.

• Cet axe très finalisé vise à produire des outils de diagnostic de la qualité microbiologique de sols (bioindicateurs ; référentiels ; modèles prédictifs) qui constituent la base d’outils de pilotage et d’accompagnement des agriculteurs vers une transition agroécologique en s’appuyant sur des collaborations avec les acteurs du monde agricole (conseillers, instituts techniques…) et du monde associatif par des approches participatives

Exemples de Réalisations

• Abis L., Loubet B., Ciuraru R., Lafouge F., Houot S., Nowak V., Tripied J., Dequiedt S., Maron P.A., Bourgeteau-Sadet S., 2020. Reduced microbial diversity induces larger volatile organic compound emissions from soils. Scientific Reports, (Accepté).
• Prudent M., Dequiedt S., Sorin C., Girodet S., Nowak V., Duc G., Salon C., Maron P.A. 2020. The diversity of soil microbial communities matters when legumes face drought. Plant Cell and Environment, DOI: 10.1111/pce.13712
• S. Sadet-Bourgeteau, S. Houot, B. Karimi, O. Mathieu, V. Mercier, D. Montenach, T. Morvan, V. Sappin-Didier, F. Watteau, V. Nowak, S. Dequiedt and P.A. Maron, 2019. Microbial communities from different soil types respond differently to organic waste input. Applied Soil Ecology, 143, 70-79.
• Karimi B., Chemidlin Prévost-Bouré N., Dequiedt S., Terrat S., Ranjard L. (2017) Atlas Françaisdes bactéries du sol, Editions Biotope.
• Terrat S., Djemiel C., Journay C., Karimi B., Dequiedt S., Horrigue W., Maron P.-A., Chemidlin Prévost-Bouré N., Ranjard L. (2020). ReClustOR: a re-clustering tool using an open-reference method that improves operational taxonomic unit definition, Methods in Ecology and Evolution, 11: 168-180. DOI: 10.1111/2041-210X.13316.
• Karimi B., Dequiedt S., Terrat S., Jolivet C., Arrouays D., Wincker P., Cruaud C., Bispo A., Chemidlin Prévost-Bouré N., Ranjard L. (2019). Biogeography of Soil Bacterial Networks along a Gradient of Cropping Intensity, Scientific Reports, 9 : 3812, DOI : 10.1038/s41598-019- 40422-y.
• Plassart P., Chemidlin Prévost-Bouré N., Uroz S., Dequiedt S., Stone D., Creamer R., Griffiths R. I., Bailey M. J., Ranjard L., Lemanceau P. (2019). Soil parameters, land use, and geographical distance drive soil bacterial communities along a European transect, Scientific Reports, vol 9 :605, DOI : 10.1038/s41598-018-36867-2.
• Karimi B., Terrat S., Dequiedt S., Saby N.P.A., Horrigue W., Lelièvre M., Nowak V., Jolivet C., Arrouays D., Wincker P., Cruaud C., Bispo A., Maron P.-A., Chemidlin Prévost-Bouré N., Ranjard L. (2018). Biogeography of Soil Bacteria and Archaea across France, Science Advances, Vol. 4, no. 7, DOI: 10.1126/sciadv.aat1808.
• Maron P.A., Sarr A., Kaisermann A., Lévêque J., Mathieu O., Guigue J., Karimi B., Bernard L., Dequiedt S., Terrat S., Chabbi A., Ranjard L. 2018. High microbial diversity promotes soil ecosystem functioning. Applied and Environmental Microbiology, 84(9):e02738–17, doi: 10.1128/AEM.02738-17.

• Projets :

• 2020-2030 :  « TI Alimentation Durable 2030 », Action « Gestion des sols », CDC, Région BFC, Dijon Métropole, AAP Ecophyto, Roullier, Dijon Céréales. 1 904 500€.
• 2020-2024 : Metha-BioSol « Impact des digestats de méthanisation sur la qualité biologique des sols agricoles », Appel d’offre national CASDAR Innovation et Partenariat et GRAINE (ADEME), 1 081 469€.
• 2016-2019 : DICOV « Déterminants des émissions de COV biogéniques au niveau des sols agricoles : Rôle de la diversité microbienne et de la composition biochimique de la matière organique », Appel d’offre national PRIMEQUAL (ADEME), 164 370€.
• 2018-2021 : APORTHE « Valoriser les Atouts de la complémentarité des PORcs et des bovins dans les Territoires HErbagers du Massif Central», Programme Opérationnel Interrégional FEDER Massif central, 124 960 €.
• 2018-2021 : MICSCAPE-Models « Dynamique des communautés microbiennes des sols à l’échelle du paysage: Impacts des pratiques agricoles et modélisation », Métaprogramme MEM (INRAe), OFSV, FEDER, 203 000€
• 2016 – 2020 : IFEP  « Impact de la fertilisation des prairies sur leur biodiversité et les transferts de microorganismes et de contaminants chimiques du sol lait », Comité Interprofessionnel de Gestion du Comté et ISITE Bourgogne-Franche-Comté, 380 000€

Projets :

• 2020-2030 :   « TI Alimentation Durable 2030 », Action « Gestion des sols », CDC, Région BFC, Dijon Métropole, AAP Ecophyto, Roullier, Dijon Céréales. 1 904 500€.
• 2020-2024 :  Metha-BioSol « Impact des digestats de méthanisation sur la qualité biologique des sols agricoles », Appel d’offre national CASDAR Innovation et Partenariat et GRAINE (ADEME), 1 081 469€.
• 2016-2019 :  DICOV « Déterminants des émissions de COV biogéniques au niveau des sols agricoles : Rôle de la diversité microbienne et de la composition biochimique de la matière organique », Appel d’offre national PRIMEQUAL (ADEME), 164 370€.
• 2018-2021 : APORTHE « Valoriser les Atouts de la complémentarité des PORcs et des bovins dans les Territoires HErbagers du Massif Central», Programme Opérationnel Interrégional FEDER Massif central, 124 960 €.
• 2018-2021 : MICSCAPE-Models « Dynamique des communautés microbiennes des sols à l’échelle du paysage: Impacts des pratiques agricoles et modélisation », Métaprogramme MEM (INRAe), OFSV, FEDER, 203 000€
• 2016 – 2020 : IFEP  « Impact de la fertilisation des prairies sur leur biodiversité et les transferts de microorganismes et de contaminants chimiques du sol lait », Comité Interprofessionnel de Gestion du Comté et ISITE Bourgogne-Franche-Comté, 380 000€

En complèment

Equipe BIOmE/BIOCOM