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Fiche Compétences Equipe

Approche multi-omique des maladies du développement

Domaines : Santé
Ref. Fiche : EQC1029

Domaines d'expertise

  • Génomique des anomalies du développement : comprendre l’origine des maladies du développement,
  • Techniques dites « omics » : intégration de données génomiques, transcriptomiques, épigénétiques et protéomiques pour identifier les mécanismes moléculaires étiologiques de ces maladies.

Axes de recherche

  • Identification de nouveaux gènes et anomalies génomiques responsables de maladies rares avec anomalies du développement
  • Développement d’une approche multi-étapes dans la détection des variations génétiques : séquençage du génome entier et séquençage de l’ARN, séquençage d’ADN, épigénomique et protéomique.

Exemples de Réalisations

  • Olson HE, Jean-Marçais N, Yang E, Heron D, Tatton-Brown K, van der Zwaag PA, Bijlsma EK, Krock BL, Backer E, Kamsteeg EJ, Sinnema M, Reijnders MRF, Bearden D, Begtrup A, Telegrafi A, Lunsing RJ, Burglen L, Lesca G, Cho MT, Smith LA, Sheidley BR, El Achkar CM, Pearl PL, Poduri A, Skraban CM, Tarpinian J, Nesbitt AI, Fransen van de Putte DE, Ruivenkamp CAL, Rump P, Chatron N, Sabatier I, De Bellescize J, Guibaud L, Sweetser DA, Waxler JL, Wierenga KJ; DDD Study, Donadieu J, Narayanan V, Ramsey KM; C4RCD Research Group, Nava C, Rivière JB, Vitobello A, Mau-Them FT, Philippe C, Bruel AL, Duffourd Y, Thomas L, Lelieveld SH, Schuurs-Hoeijmakers J, Brunner HG, Keren B, Thevenon J, Faivre L, Thomas G, Thauvin-Robinet C. A Recurrent De Novo PACS2 Heterozygous Missense Variant Causes Neonatal-Onset Developmental Epileptic Encephalopathy, Facial Dysmorphism, and Cerebellar Dysgenesis. Am J Hum Genet. 2018 Oct 4;103(4):631. doi: 10.1016/j.ajhg.2018.09.002. PMID: 30290155
  • Tran Mau-Them F, Guibaud L, Duplomb L, Keren B, Lindstrom K, Marey I, Mochel F, van den Boogaard MJ, Oegema R, Nava C, Masurel A, Jouan T, Jansen FE, Au M, Chen AH, Cho M, Duffourd Y, Lozier E, Konovalov F, Sharkov A, Korostelev S, Urteaga B, Dickson P, Vera M, Martínez-Agosto JA, Begemann A, Zweier M, Schmitt-Mechelke T, Rauch A, Philippe C, van Gassen K, Nelson S, Graham JM Jr, Friedman J, Faivre L, Lin HJ, Thauvin-Robinet C, Vitobello A. De novo truncating variants in the intronless IRF2BPL are responsible for developmental epileptic encephalopathy. Genet Med. 2019 Apr;21(4):1008-1014. doi: 10.1038/s41436-018-0143-0. Epub 2018 Aug 31. PMID: 30166628
  • Cappuccio G, Sayou C, Tanno PL, Tisserant E, Bruel AL, Kennani SE, Sá J, Low KJ, Dias C, Havlovicová M, Hančárová M, Eichler EE, Devillard F, Moutton S, Van-Gils J, Dubourg C, Odent S, Gerard B, Piton A, Yamamoto T, Okamoto N, Firth H, Metcalfe K, Moh A, Chapman KA, Aref-Eshghi E, Kerkhof J, Torella A, Nigro V, Perrin L, Piard J, Le Guyader G, Jouan T, Thauvin-Robinet C, Duffourd Y, George-Abraham JK, Buchanan CA, Williams D, Kini U, Wilson K; Telethon Undiagnosed Diseases Program, Sousa SB, Hennekam RCM, Sadikovic B, Thevenon J, Govin J, Vitobello A, Brunetti-Pierri N. De novo SMARCA2 variants clustered outside the helicase domain cause a new recognizable syndrome with intellectual disability and blepharophimosis distinct from Nicolaides-Baraitser syndrome. Genet Med. 2020 Nov;22(11):1838-1850. doi: 10.1038/s41436-020-0898-y. Epub 2020 Jul 22. PMID: 32694869
  • Duncan AR, Vitobello A, Collins SC, Vancollie VE, Lelliott CJ, Rodan L, Shi J, Seman AR, Agolini E, Novelli A, Prontera P, Guillen Sacoto MJ, Santiago-Sim T, Trimouille A, Goizet C, Nizon M, Bruel AL, Philippe C, Grant PE, Wojcik MH, Stoler J, Genetti CA, van Dooren MF, Maas SM, Alders M, Faivre L, Sorlin A, Yoon G, Yalcin B, Agrawal PB. Heterozygous Variants in KDM4B Lead to Global Developmental Delay and Neuroanatomical Defects. Am J Hum Genet. 2020 Dec 3;107(6):1170-1177. doi: 10.1016/j.ajhg.2020.11.001. Epub 2020 Nov 23. PMID: 33232677
  • Longobardi E, Miceli F, Secondo A, Cicatiello R, Izzo A, Tinto N, Moutton S, Tran Mau-Them F, Vitobello A, Taglialatela M. Generation of an iPSC line (UNINAi001-A) from a girl with neonatal-onset epilepsy and non-syndromic intellectual disability carrying the homozygous KCNQ3 p.PHE534ILEfs*15 variant and of an iPSC line (UNINAi002-A) from a non-carrier, unaffected brother. Stem Cell Res. 2021 May;53:102311. doi: 10.1016/j.scr.2021.102311. Epub 2021 Mar 24. PMID: 33799276
  • Thomas Q, Gautier T, Marafi D, Besnard T, Willems M, Moutton S, Isidor B, Cogné B, Conrad S, Tenconi R, Iascone M, Sorlin A, Masurel A, Dabir T, Jackson A, Banka S, Delanne J, Lupski JR, Saadi NW, Alkuraya FS, Zahrani FA, Agrawal PB, England E, Madden JA, Posey JE, Burglen L, Rodriguez D, Chevarin M, Nguyen S, Mau-Them FT, Duffourd Y, Garret P, Bruel AL, Callier P, Marle N, Denomme-Pichon AS, Duplomb L, Philippe C, Thauvin-Robinet C, Govin J, Faivre L, Vitobello A. Haploinsufficiency of ARFGEF1 is associated with developmental delay, intellectual disability, and epilepsy with variable expressivity. Genet Med. 2021 Oct;23(10):1901-1911. doi: 10.1038/s41436-021-01218-6. Epub 2021 Jun 10.PMID: 34113008
  • Bruel AL, Vitobello A, Thiffault I, Manwaring L, Willing M, Agrawal PB, Bayat A, Kitzler TM, Brownstein CA, Genetti CA, Gonzalez-Heydrich J, Jayakar P, Zyskind JW, Zhu Z, Vachet C, Wilson GR, Pruniski B, Goyette AM, Duffourd Y, Thauvin-Robinet C, Philippe C, Faivre L. ITSN1: a novel candidate gene involved in autosomal dominant neurodevelopmental disorder spectrum. Eur J Hum Genet. 2021 Oct 28. doi: 10.1038/s41431-021-00985-9. Online ahead of print. PMID: 34707297

En complèment

Mots-clés complémentaires : troubles physiques – troubles moteurs – épigénétique – génomique - omics