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Fiche Equipement

Génomique fonctionnelle CRISPR-Cas9

Domaines : Santé
Ref. Fiche : EQM1035

Compétences techniques

Accompagnement de projets de génomique fonctionnelle utilisant la technologie CRISPR-Cas9 :

  • Détermination des outils moléculaires et cellulaires adaptés,
  • Aide à la conception et mise en œuvre technique.

Expertises et techniques dans l’utilisation de la technologie CRISPR-Cas9 :

  • Stratégies de vectorisation du système,
  • Evaluation de l’efficacité,
  • Détermination des étapes de criblage fonctionnel.

Domaines d'application

Milieu médical, Industries pharmaceutiques : La plateforme CRIGEN (CRISPR Genomics) a pour objectif de développer des approches d'édition génomique (stratégie CRISPR-Cas9) au service des études de génomique fonctionnelle visant l'innovation thérapeutique en oncologie/onco-hématologie, dans les maladies rares et chroniques.

Analyses et équipements

Génomique fonctionnelle utilisant la technologie de CRISPR-Cas9

  • Design des sgRNA
  • Vectorisation des sgRNA
  • Validation fonctionnelle des sgRNA
  • Détection et analyse des mutations induites

Équipements :

  • Grâce à notre positionnement privilégié au sein des locaux de l’UMR1231 à l’UFR des Sciences de Santé et de la Plateforme de Biologie Hospitalo-Universitaire (PBHU) du Pôle de Biologie et de Pathologie du CHU Dijon Bourgogne, nous bénéficions d’une mutualisation des équipements nécessaires au développement de notre activité via les plateaux techniques du CHU (Biologie Moléculaire et NGS, PBHU), les plateformes CRB (Centre de Ressources Biologiques) et BIOME (bioinformatique médicale), ainsi que les plateformes CELLIMAP et Cytométrie de l’UMR1231

Conseil et accompagnement de projet R&D

  • Conception de l’expérience
  • Stratégies KO/KI
  • Choix de la Cas9
  • Stratégie de vectorisation selon le modèle cellulaire
  • Stratégies de criblage de l’efficacité
  • Conception des expériences de type « CRISPR dropout screen » utilisant des banques de sgRNA, sélection du crible, séquençage des sgRNA
  • Analyse bio-informatique des résultats
  • Conseil sur l’interprétation biologique et la validation fonctionnelle in vitro et in vivo

Exemples de réalisations

  • Création de lignées cellulaires murines LLC1 (cancer pulmonaire) KO pour différentes protéines liées à l’inflammation et l’autophagie.
  • Création de lignées cellulaires humaines de leucémies aiguës myéloblastiques et de lymphomes agressifs KO pour différents régulateurs épigénétiques.
  • Conseil pour la création de lignées cellulaires murines neuronales KO pour des protéines impliquées dans la déficience intellectuelle