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Fiche Equipement

GenoSol : Microbiologie des Sols

Domaines : Sciences de la Terre et du Vivant
Ref. Fiche : EQM938

Compétences techniques

  • Prélèvement et design expérimental d’échantillons de matrices environnementales solides (sol, sédiments…) ;
  • Conservation des ressources microbiologie des sols ;
  • Caractérisation de la diversité taxonomique (approche métabarcoding) ;
  • Développement de la caractérisation fonctionnelle des communautés microbiennes afin de pouvoir évaluer et prédire les modifications du fonctionnement biologique du sol.

Domaines d'application

Qualité de l’environnement, agriculture, viticulture, machinisme agricole, entreprises phytosanitaires.

Analyses et équipements

Prélèvement et conditionnement

  • Matériel de terrain pour prélèvement (tarière, GPS, tamis)
  • Table aspirante (matériel pour le tamisage de terre sèche - Wattohm Equipement)
  • 2 lyophilisateurs (Beta 2-8 LD plus) dont 1 avec nourrice et ampoules pour dessication de matériels végétaux ou cultures

Conservation des ressources génétiques des sols

  • Parc de 18 congélateurs - 40°C
  • 1 congélateur - 80°C (pour stockage en but d’analyses des ARN)
  • Métrologie des températures (sonde LabGuard) et suivi informatique du positionnement et des quantités en stock

Extraction des ressources génétiques des sols

  • Extraction ADN des sols selon norme ISO ISO 11063:2020 (Soil quality — Direct extraction of soil DNA)
  • Extraction ADN/ARN avec kits commerciaux (powerLyser, Powersoil RNA extraction kit)

Equipements : 2 agitateurs horizontaux FastPrep-24, Agitateur IKA Turrax , Agitateur Retsch MM200

  • Contrôle Qualité des ADNs et ARNs (Nanodrop, Agilent TapeStation)

Caractérisation moléculaire du métagénome microbien des sols

  • Evaluation de l’abondance relative des champignons et bactéries par Q-PCR (norme ISO 17601:2018 - Soil quality - Estimation of abundance of selected microbial gene sequences by quantitative PCR from DNA directly extracted from soil (ISO 17601:2016) …)

Equipements : QPCR quantitative StepOne plus et QuantStudio5 (nouvelle machine 2021), ddPCR - QX200 droplet generator et lecteur.

  • Caractérisation des ressources génétiques microbiennes (génotypage, séquençage à haut débit, étude du métagénome par amplification des gènes ribosomaux)

Equipements : IntelliXcap decapper 96 - G-MAT-015 Brooks, Station automatisée de pipetage Beckman

  • Développement et veille technologique sur les méthodes d’extraction des acides nucléiques des sols et les outils de caractérisation des ressources génétiques microbiennes

Exemples de réalisations