Epigénétique et expression génique

Compétences techniques

Réalisations d’analyses dans le domaine de l’épigénétique :

• Analyse de la chromatine
• Etude des interactions entre protéines et ADN
• Etude des profils épigénétiques des nucléotides de l’ADN (méthylation)
• Modulation de l’expression des gènes par des épidrogues

Prestation d’analyses complète : mise au point de protocole adapté aux différentes problématiques, préparation des échantillons, réalisation de librairies, analyse de l’épigénome.

IPStar : équipement de pointe pour l’automatisation de la préparation d’échantillons épigénétiques et la bibliothèque NGS.

Domaines d'application

Médical (oncologie), neurosciences, épidémiologie, épigénétique et transcriptomique.

Analyses et équipements

Analyse de la Chromatine (structure compactée de l’ADN dans le noyau cellulaire)

Optimisation du matériel et des paramètres

• Détermination des paramètres de sonication des lignées cellulaires 
• Validation de la qualité de l’ADN génomique (ADNg)
• Validation de l’anticorps pour l’immunoprécipitation de la chromatine
• • Western-blotting
  • Contrôle IP à l’aide d’IgG

Préparation des échantillons

• Cultures cellulaires pour préparation du matériel génétique
• Extraction et fragmentation des ADNg par sonication (pour préparer les échantillons au séquençage)
  • Sonicateur (M220 Covaris, E220 evolution) : production d’énergie ultrasonore
• Immunoprécipitation de l’ADNg et purification de la chromatine, et préparation des librairies (fragments de chromatine de taille homogène), par l’automate IPStar
  • ChIP : analyse des interactions ADN/protéines, immunoprécipitation de la chromatine
  • IPure : purification des produits de ChIP

Analyse et quantification des fragments de chromatine

• Caractérisation et quantification de l’information génétique (produits immunoprécipités et purifiés)
  • qPCR au SYBERGreen
• Amplification directe de l’ADNg
  • ddPCR au Evagreen ou Taqman (QX200 Biorad) : quantification d’évènements rares
• Validation de la qualité de l’information génétique
  • Nanodrop/Qubit/TapeStation

Analyse de la méthylation de l’ADN (ADN méthylé = ajout de groupement « méthyl » sur des cytosines, modification épigénétique entrainant une répression transcriptionnelle)

Optimisation du matériel et des paramètres

• Extraction de l’ADNg et validation de sa qualité
  • Kits classiques d’extraction d’ADN

Préparation des échantillons

• Cultures cellulaires pour préparation du matériel génétique
• Conversion des ADNg
  • Traitement au bisulfite (étudie la méthylation)
• Fragmentation des ADNg par l’utilisation d’enzyme de restriction qui coupe l’ADN méthylé
  • qMSRE
• ou Immunoprécipitation de l’ADNg puis amplification, à l’aide de l’automate IPStar
  • MeDIP (pour ADN méthylé) et hMeDIP (pour ADN hydroxyméthylé)
• Purification automatisée supplémentaire de produits MeDIP/hMeDIP pour préparer les librairies de séquençage
  • IPure

Analyse et quantification

• Caractérisation et quantification de l’information génétique (produits purifiés de MeDIP/hMeDIP et qMSRE)
  • qPCR SYBERGreen
• Clonage des produits de PCR, isolement par antibiotique et validation de l’insert
  • qPCR
• Etude de la méthylation de l’ADN pourr la méthode BiSeq
  • Séquençage au Bisulfite par méthode de SANGER

Analyse des protéines nucléaires

Préparation et analyse des échantillons

• Cultures cellulaires pour préparation du matériel génétique
  • Fragmentation de l’ADN par sonication
• Extraction des protéines nucléaires et analyse qualitatives
  • Kits classiques d’extraction de protéines
  • SDS-PAGE et western-blotting
• Co-immunoprécipitation des protéines nucléaires
  • MethylCap : co-IP automatisée
• Analyses qualitatives et quantitatives des acides nucléiques
  • Dosage Qubit (fluorimètre invitrogen)

Modulation de l'expression des gènes par l'utilisation d'épidrogues 

• Criblage d’épidrogues réalisé à partir d’une chimiothèque composée de 650 molécules disponibles au laboratoire

Exemples de réalisations

Exemples de réalisation :

• Développement d’un nouveau protocole de ChIP à partir de tissus paraffinés, pour la société COVARIS.
• Réalisation de ChIP pour différents laboratoires académiques (dont Beaston insittute, UK et GIGA Cancer, Belgique).