Biologie, Biologie Moléculaire, Ecophysiologie

Compétences techniques

La santé des écosystèmes : analyse ADN/ARN, moléculaires de micro-organismes (bactéries, champignons, acariens et parasites), protéomique ou immunologie de matériels biologiques issus d’animaux, culture de plantes ou de microorganismes, écophysiologie de végétaux et évaluations écotoxicologues de la qualité des milieux terrestres et aquatiques

Domaines d'application

• Protection de l’environnement, agriculture, organisme de protection de la faune, pharmacologie, élevage, agricultures, industries phytosanitaires, aquaculture, industries pétrolières, métallurgie, textile,
• Santé humaine (échinococcose, résistance aux antimicrobiens, pathologies liées aux moisissures…), phytomanagement de friches industrielles….

Analyses et équipements

Prélèvement, culture et préparation d’échantillons

• Cultures de végétaux sur sol ou hors sol en présence ou non de contaminants, cultures en "mésocosmes" terrestres ou aquatiques.
  • Salles de Rempotage/Préparation des cultures : Ensemble de 2 Salles de rempotage (avec paillasse et évier) pour Substrats "propres" (salle -242L) ou avec "contaminants" (salle -244L).
  • Salles de cultures : Ensemble de 5 salles climatisées de Surface variable (S) à Hygrométrie (H), Intensité Lumineuse (IL) par éclairage LED (Rampes ou Projecteurs), et Température (T) réglables, destinées à la culture.
• Manipulation d’échantillons d’origine animal à risque biologique ou écotoxicologique
• Matériel de capture et de prélèvement de sang pour passereaux et petits mammifères sauvages
• Anesthésie pour l’échantillonnage de sang sur le terrain pour petits rongeurs par GENESTIL UNIVENTOR 400

Études écotoxicologiques d’évaluation de la qualité des milieux

• Milieux aquatiques et terrestres
• Différents modèles biologiques reconnus comme bioindicateurs de la qualité des milieux (escargots terrestres et larves de chironomes aquatiques)
• Approches au laboratoire : bioessais de l’innocuité d’une substance (REACH) ou d’une matrice (sol, eau, sédiment) ; tests normalisés
• Approches in situ : biomonitoring et caging (implantation in situ de dispositifs de biosurveillance).
• Présence d’élevages permanent (Cantareus aspersus ; Chironomus riparius) ou ponctuels (Lymnaea sp et Gammarus sp).

Mesures in et ex situ de paramètres écophysiologiques végétaux

• Mesure d’échanges gazeux foliaire (Photosynthèse respiration) grâce au LiCOR 6400 (LiCOR inc)
• Mesure de la conductance stomatique par le Poromètre AP4
• Mesure optique de l’oxygène dissous dans l’eau et Ph mètre par sonde multi paramètre HQd 40 avec sonde LDO
• Morphologie racinaire et foliaire par Système WinRhizo (Scanner+logiciel d’analyse d’image)
• Mesure de fluorescence de la chlorophylle a (indicateur de stress chez les végétaux) par Mini PAM (WALZ) :
• Mesure non destructive de la teneur en chlorophylle foliaire grâce à un Chlorophyll Content Meter
• Mesure de la luminosité par un Universal light meter submersible (UM% 500, Walz)
• Analyse de gaz in situ (CO₂, CH₄, H₂O) par un gaz analyser Ultra portable (Los Gatos Research)

Microbiologie classique : Culture, caractérisation phénotypique et transformation

• Culture de bactéries et champignons par Pièce type L2 avec agitateurs orbitaux de paillasses thermostatés et étuves
• Suivi de la croissance bactérienne dans différente conditions par Microplate Reader SYNERGY (BIOTEK)
• Détermination phénotypique (antibiogramme, Eucast …) et sélection in vitro par SpiralPlater
• Transformation plasmidique ou par recombinaison homologue

Microbiologie environnementale : caractérisation et comptage des populations de micro-organismes, isolement et culture de micro-organismes, caractérisation génétique, analyse moléculaire

• Isolement et comptage de populations fongiques et bactériennes de sols ou végétaux
• Mesure de la colonisation mycorhizienne des plantes
• Culture en bioréacteur en conditions contrôlées
• Mesure des biomasses bactériennes et algales d’échantillons en solution par cyrtométrie (quantification et qualification de cellules en fonction de leur taille, leur granulosité et de leur fluorescence par BD Accuri C6 Flow Cytometer)

Extraction et purification d’acides nucléiques et de protéines dans des matrices complexes (échantillons d’origine végétale, animale ou environnementale), y compris dégradées et/ou anciennes

• Extraction d’ADN/ARN par
  • Automate pour kits Qiagen sur colonnes QIAcube (Qiagen)
  • Tissuelyser II (Qiagen)
  • Vibro-broyeur MagNalyser (ROCHE)
  • Extracteur automatique QIAcube (QIAGEN)
• Dosage d’ADN/ARN/Protéine par
  • Fluoromètre (Quantus Promega et INVITROGEN)
  • Spectrophotomètre microvolume  (Bbiochrom et IMPLEN)
  • Spectrophotomètre biophotometer Eppendorf

Analyse moléculaire de micro-organismes (bactéries, champignons, acariens et parasites)

• PCR classique ADN/ARN par Thermocyclers (BIORAD, APPLIED; BIOMETRA et Eppendorf)
• Électrophorèse par
  • Automate d’électrophorèse Qiaxcel (Qiagen)
  • GelDoc™ XR+ et Imaging Lab Software (BIORAD)
  • ChemiDoc™ MP Imaging System (BIORAD)
• qPCR ADN/ARN par
  • Appareil de dépôt QIAgility (QIAGEN)Lecteur de plaques qPCR temps réel : Applied 7500 Fast Real time PCR System (APPLIED) x2
  • Lecteur de tubes qPCR : Rotor-Gene Q (QIAGEN)
• Analyse des données de séquençage haut-débit : caractérisation génomique, phylogénie et analyse des données de métagénomique par Serveur de calcul Galaxy.

Analyses hématologiques et analyses de biochimie du plasma ou d’urine

• Analyses hématologiques sur faibles volumes sanguins (quelques dizaines de microlitres) : Hématocrite, Hémoglobine, Numération formule sanguine incluant formule leucocytaire par Automate d’hématologie HORIBA ABX Micros ES 60
• Analyses de biochimie du plasma ou d’urine d’origine humaine ou animale y compris sur micro-volumes (100µL) : Paramètres « classiques » (substrats, enzymes, protéines spécifiques…), anti-oxydants, ionogrammes par Automate de chimie clinique RANDOX RX daytona+

Analyse d’immunoprotéomiques appliquée à la santé humaine (PSH, echinococcose)

• Séparation des protéines sur électrophorèse mono- et bi-dimensionnelle par Protean R i12TM IEF Cell (BIORAD)
• Révélation par colorimétrie, mesure par Scanner GS800 calibrated densitometer (BIORAD)
• Transfert sur membrane par Western blot (Trans-blot turbo (BIORAD)
• Dosages d’antigène ou d’anticorps spécifique par ELISA ou DELFIA (Lecteur de plaque H1 Microplate Reader SYNERGY (BIOTEK))

Exemples de réalisations

• Phytomanagement : Amélioration du potentiel de croissance des espèces végétales à l’aide inoculum mixte de bactéries et de champignons mycorhiziens sélectionnés.
• Écotoxicologie de la faune sauvage : Étude de l’impact de l’exposition aux contaminants métalliques et aux pesticides sur l’état de santé des animaux
• Études écotoxicologiques :
  • Couplage d’indicateurs chimiques et biologiques pour une évaluation de la biodisponibilité d’éléments métalliques dans des sols contaminés : bioaccessibilité orale pour l’homme et bioaccumulation par l’escargot..
  • Évaluation de l’impact environnemental d’un drainage minier acide (DMA) : approches in situ et ex situ avec Chironomus riparius.
• Santé humaine :
  • Étude de l’impact de l’exposition microbienne des enfants dans la survenue de l’asthme.
  • Caractérisation moléculaire et épidémiologique de la résistance bactérienne aux antibiotiques.