Service de Séquençage et Génotypage

Compétences techniques

Etude de l’ADN dans le domaine des sciences de la terre, du vivant et de la santé :

• Détection/ transcription de gènes,
• Analyse de fragments d ’ADN pour le génotypage,
• Quantification de gènes et transcrits.

Domaines d'application

• Recherche en biologie végétale, animale ou humaine
• Domaines de l’environnement, biotechnologies, alimentation, Médical, paramédical….

Analyses et équipements

Préparation des échantillons :

• • un robot pipeteur, TECAN EVO100 8 canaux 500µL
  • un robot pipeteur,  TECAN EVO100 4 canaux 1000µL

Séquençage et génotypages :

•  
• Méthodes utilisées :
  • T-RFLP (Terminal Restriction Fragment Length Polymorphism)
  • Marqueurs micro-satellites (pool-plexage)
  • AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism Analysis)
  • A-RISA (Ribosomal Intergenic Spacer Analysis)
  • Marqueur SNP (Single Nucleotide Polymorphism)
  • Tilling
• Equipements :
  • séquenceurs/génotypeurs à gel de type (Li-Cor®)
  • PCR en temps réel (détection SNP/taqman)

Quantification de gènes :

Quantification de séquences cibles d'ADN, de l'expression de gènes, réalisation d’expériences de génotypage (discrimination allélique).

• Méthodes utilisées :
  • PCR quantitative en temps réel (qPCR)
• Equipements :
  • par PCR quantitative en temps réel ViiA7 et StepOne+
  • logiciels StepOne Software 2.3 et QuantStudio Real-Time PCR Software.

Exemples de réalisations

• Projet Européen : Academia network for revising and advancing the assessment of microbial toxicity of pesticides, ARISTO (https://cordis.europa.eu/project/id/956496/fr)
• Projet ANR: Dynamique des antibiotiques et des gènes de résistance associés dans les agrosystèmes : risques écotoxicologiques pour les communautés microbiennes des systèmes lotiques receveurs – Antibiotox (https://anr.fr/Projet-ANR-17-CE34-0003)